Com sua paisagem deslumbrante e seu povo próspero, o Grande Japão é a inveja de todas as outras nações. Mas uma séria ameaça paira sobre o país. Guardiões misteriosos conhecidos como Mestre Samurai são a única defesa do Grande Japão.
A pedido do conselho estudantil, o jovem samurai Muneakira Yagyuu chega à Escola Acadêmica de Buou. Administrada pelo Shogunato Tokugawa, aqui os filhos dos guerreiros recebem a educação aristocrática necessária para administrar o país. A escola é dirigida pelo presidente do conselho estudantil, Yoshihiko Tokugawa, e sua irmã Sen, que também é amiga de infância de Muneakira.
Ao chegar à academia, Muneakira se vê em meio a uma terrível luta. Durante o caos, o céu se enche de uma luz branca peculiar e uma garota misteriosa chamada Juubei Yagyuu aparece e de repente beija Muneakira. Com o beijo dele, ela desperta um poder desconhecido que os protege.
Quem é essa garota e de onde ela veio? Muneakira se vê envolvido no destino do país e em uma ameaça que abalará o Grande Japão em seu âmago. Ele precisa descobrir o segredo por trás do Mestre Samurai e o beijo que despertou o poder de Juubei para proteger seu país.
[Escrito por MAL Rewrite]