O excêntrico e autoproclamado cientista louco Rintarou Okabe se tornou uma concha de seu antigo eu. Deprimido e traumatizado depois de não conseguir resgatar seu amigo Makise Kurisu, ele decidiu abandonar seu cientista louco alterando seu ego e viver como um estudante universitário comum. Rodeado de amigos que conhecem pouco de suas experiências de viagem no tempo, Okabe passa seus dias tentando esquecer os horrores de suas aventuras sozinho.
Enquanto trabalha como recepcionista em um fórum de tecnologia universitária, Okabe conhece a curta e corajosa Maho Hiyajo, que
mais tarde, revela-se o intérprete na apresentação do fórum's, conduzida pelo professor Alexis Leskinen. Diante de uma multidão atordoada, Alexis e Maho revelam Amadeus—uma IA revolucionária capaz de armazenar as memórias de uma pessoa's e criar uma simulação perfeita dessa pessoa completa com sua personalidade e peculiaridades. Reunião com Maho e Alexis após a apresentação, Okabe descobre que os dois eram colegas de Kurisu's na universidade, e que eles a simularam em Amadeus. Contratada por Alexis para pesquisar o comportamento da simulação's, Okabe tem a chance de interagir com a sombra de um amigo querido há muito perdido. Perigosamente emaranhado no passado, Okabe deve enfrentar a dura realidade e manobrar cuidadosamente em torno das conseqüências desastrosas que vêm com a perturbação do fluxo natural do tempo.
[Escrito por MAL Rewrite]
