O estudante do ensino médio Makoto Itou percebe Kotonoha Katsura pela primeira vez no início de seu segundo semestre, ano de calouro. Imediatamente, ele fica encantado com a beleza dela, mas sua tibieza não permite que ele se aproxime dela, mesmo que eles andem no mesmo trem todos os dias. Em vez disso, ele tira uma foto dela em segredo e a coloca como papel de parede de seu celular: um charme que, se mantido em segredo, supostamente ajudaria você a realizar seu amor. No entanto, o colega de classe Sekai Saionji vê a foto, mas em vez de atacá-lo, ela se oferece para ajudá-lo a colocá-lo com Kotonoha – chegando a fazer amizade com ela apenas por ele. Assim, o trio inicia uma amizade bastante improvisada.
School Days acompanha a vida desses três adolescentes enquanto eles atravessam as alegrias e dificuldades que vêm com ser um estudante do ensino médio. Em uma história viva e repleta de romance e melancolia, a história desses três alunos ficará na memória muito depois da conclusão importante.
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