Ren Amamiya, um novo estudante de transferência na Academia Shujin, é enviado para Tóquio para viver com seu amigo da família Sojiro Sakura depois de ser colocado em liberdade condicional por defender uma mulher de agressão sexual. Enquanto estava a caminho de participar de seu primeiro dia em sua nova escola, Ren percebe que um estranho aplicativo apareceu em seu telefone, transferindo-o para um mundo conhecido como Metaverso, que contém as “sombras” das pessoas: representações distorcidas de seu verdadeiro eu. No Metaverso, ele desperta sua Persona, um poder do fundo que lhe dá força para lutar contra as sombras. Com a ajuda de estudantes igualmente problemáticos, ele forma os Ladrões Fantasmas de Copas, tentando salvar as pessoas de seus desejos pecaminosos “tomando seu coração”, fazendo com que os malfeitores se arrependam de suas ações e virem uma nova folha. A reputação do grupo continua a crescer de forma explosiva, trazendo consigo fama tanto positiva quanto negativa.
No entanto, durante o auge de sua popularidade, Ren é capturado e levado sob custódia. Aqui, ele acorda para um interrogatório duro, mas isso é interrompido pela chegada de Sae Niijima, um promotor em busca de respostas. Como ela reagirá à história dele e o que será dos Ladrões Fantasmas?
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