No Japão Feudal, o povo de Edo está cercado por insetos gigantes que devastam a terra. O povo implora desesperadamente ao governo que faça alguma coisa a esse respeito. Assim, o Gabinete Do Magistrado dos insectos é estabelecido, reunindo guerreiros fortes para se defenderem contra o aparecimento de pragas.
Mushibugyou segue Jinbee Tsukishima, um jovem tentando ser um mestre espadachim como seu pai. Para reparar um incidente horrível que ocorreu por sua culpa, Jinbee procura tomar o lugar de seu pai como um membro do Gabinete de Magistrados de insetos. Em sua viagem para lá, ele conhece a adorável Haru, uma jovem mulher que ajuda a gerenciar a casa de chá da sua família, e é forçado a colocar sua espada a bom uso para salvá-la de um destino terrível. Este acto de bravura que lhe dá um lugar no magistrado dos Insectos. Será Que este Exterminador novato vai ser capaz de livrar a terra da horda de insectos?
