No alvorecer do século XXI, a magia, há muito pensada para ser folclore e contos de fadas, tornou-se uma tecnologia sistematizada e é ensinada como habilidade técnica. Na Primeira Escola Secundária, a instituição para mágicos, os alunos são segregados em dois grupos com base em suas notas nos exames de admissão: "Blooms," aqueles que recebem notas altas, são designados para o Primeiro Curso, enquanto "Weeds" são alunos de reserva designados para o Segundo Curso.
Mahouka Koukou no Rettousei segue os irmãos, Tatsuya e Miyuki Shiba, que estão matriculados no Primeiro Curso do Segundo Grau. Ao fazer o exame, o prodigioso Miyuki é colocado no Primeiro Curso, enquanto o Tatsuya é relegado para o Segundo Curso. Apesar da sua pontuação prática nos testes e do seu estatuto de "Weed" mostrar-lhe ser magicamente inepto, ele possui conhecimentos técnicos extraordinários, capacidades de combate físico e técnicas mágicas únicas—fazendo de Tatsuya o irregular numa escola secundária mágica.
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