Madoka Kaname e Sayaka Miki são meninas regulares do ensino médio com vidas regulares, mas tudo isso muda quando elas encontram Kyuubey, um gato mágico familiar, e Homura Akemi, a nova aluna transferida.
Kyuubey lhes oferece uma proposta: ele vai conceder qualquer um de seus desejos e em troca, cada uma delas se tornará uma garota mágica, ganhando poder suficiente para realizar seus sonhos. No entanto, Homura Akemi, a própria garota mágica, os exorta a não aceitar a oferta, afirmando que nem tudo é o que parece.
Uma história de esperança, desespero e amizade, Mahou Shoujo Madoka★Magica trata das dificuldades de ser uma garota mágica e do preço que se tem que pagar para realizar um sonho.
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