No reino de Earlshide, Merlin Walford já foi considerado um herói nacional, aclamado tanto por seu poder quanto por suas conquistas. Preferindo uma vida tranqüila, porém, ele se isolou no meio da floresta rural, dedicando seu tempo à criação de um órfão que salvou. Este órfão é Shin, um homem normal no Japão moderno que reencarnou no mundo Merlin's enquanto ainda conservava suas memórias passadas. Com o passar dos anos, Shin demonstra um talento inigualável tanto em fundição mágica quanto em artes marciais, muito para o constante espanto de Merlin's.
No entanto, em seu 15º aniversário, torna-se evidente que Shin apenas desenvolveu suas habilidades de combate e nada mais, deixando-o com uma inépcia social flagrante, uma falta de senso comum e um senso médio de responsabilidade. Como resultado, Shin se inscreve na Academia de Magia do reino… 039;s para aprimorar suas habilidades e amadurecer entre outros adolescentes. No entanto, viver uma vida normal é impossível, pois ele se estabelece como uma celebridade local quase tão logo chega.
Kenja no Mago segue a vida escolar de Shin Walford's na capital enquanto faz novos amigos, aprende sobre o mundo e luta contra as várias forças do mal que o cercam e sua cidade.
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