Frustrados novamente por Naraku, Inuyasha, Kagome Higurashi, e seus amigos devem continuar sua caça pelos poucos fragmentos de Jóias Shikon restantes, para que não se transformem completamente em uma jóia corrompida nas mãos de Naraku. Mas Naraku tem planos próprios para adquiri-los e destruirá qualquer um e qualquer coisa que se interponha em seu caminho – até mesmo seus próprios subalternos.
O perigo persistente e inabalável representado por Naraku força Sango e Miroku a decidir o que é mais importante para eles – cada outro ou seu dever na batalha. Enquanto isso, Inuyasha deve decidir se seu coração está com Kikyou ou Kagome, antes que o destino decida por ele. Em meio à corrida para encontrar os cacos, Inuyasha e seu irmão Sesshoumaru também devem resolver sua rixa e cooperar para seu confronto final com Naraku, pois é uma batalha que eles devem vencer a fim de pôr um fim à sua maldade e crueldade de uma vez por todas.