Um inferno tecnológico disfarçado de paraíso, a Academia Tsukimihara é uma escola secundária artificial que serve de cenário para a próxima Guerra do Santo Graal. Criada pelo computador Moon Cell, a escola é habitada por almas projetadas na Terra que têm a mínima aptidão para ser um "Master." Dessas 256 almas, 128 serão escolhidas para o torneio principal e receberão um Servo. Com todos os Mestres selecionados, a Academia ativa uma purga, visando as formas de vida remanescentes para a eliminação.
Despertando em uma piscina de seu próprio sangue, Hakuno Kishinami se recusa a morrer. Alimentado por sentimentos desconhecidos de ódio, ele se compromete a lutar pela sobrevivência. Enquanto luta para escapar de um perseguidor implacável, ele encontra uma lâmina carmesim mergulhada no chão; e, ao arrancá-la, Hakuno convoca seu próprio Servo, Saber, que destrói instantaneamente seu perseguidor em uma enxurrada de pétalas de rosa. Com seu novo poder, Hakuno deve agora começar sua jornada para Moon Cell's core, a Angelica Cage. Lá, ele revelará a razão para este mundo artificial e os segredos do seu próprio passado encharcado de sangue.
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