No século 24 no planeta Aqua, três meninas & mdash;Akari Mizunashi, Alice Carroll, e Aika S. Granzchesta—continuam a trabalhar duro para alcançar seu objetivo de se tornar Prima Undines: guia turístico profissional gondoliers. Felizmente, as meninas têm a orientação das três melhores Prima Undines em Neo-Venezia—Alicia Florence, Athena Glory, e Akira E. Ferrari—que são conhecidas como as fadas da água "em honra da sua habilidade. Com a sua ajuda, os jovens aprendizes treinam arduamente e trabalham para superar quaisquer situações em que se encontrem.
Aria the Origination segue as dificuldades e a vida diária dessas três jovens meninas, que estão fazendo o seu melhor para melhorar como gondoliers tour em Neo-Venezia, uma réplica terraformada de Veneza.
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