Em uma tentativa de reunir informações sobre a imortalidade, cientistas de todo o mundo se reuniram para estudar o “Heaven’s Gate”, a tumba que se tornou o laboratório do mítico rei Gilgamesh. Mas logo a pesquisa é considerada antiética e todo o trabalho planejado é interrompido. No entanto, um grupo de terroristas não dá importância a isso e invade o Heaven’s Gate, causando uma explosão que leva ao colapso da avançada civilização da informação.
Muitos anos após o incidente, os irmãos Tatsuya e Kiyoko Madoka estão fugindo de bandidos. No entanto, essa parece ser a menor de suas preocupações, pois eles se encontram no meio de uma guerra entre duas poderosas facções enigmáticas. Com ambos os grupos alegando lutar pela melhoria da sociedade, Tatsuya e Kiyoko terão que encontrar uma maneira de decidir em quem confiar.
[Escrito por MAL Rewrite]