Dois anos se passaram desde o ataque do CCG a Anteiku. Embora a atmosfera em Tóquio tenha mudado drasticamente devido ao aumento da influência do CCG, ghouls continuam a representar um problema à medida que começaram a tomar cuidado, especialmente a organização terrorista Aogiri Tree, que reconhece a crescente ameaça do CCG à sua existência.
A criação de uma equipe especial, conhecida como Esquadrão Quinx, pode fornecer ao CCG a pressão necessária para exterminar os residentes indesejados de Tóquio. Como humanos que foram submetidos a cirurgias para usar as habilidades especiais de ghouls, eles participam de operações para erradicar as criaturas perigosas. O líder desse grupo, Haise Sasaki, é um meio carniçal, meio humano, treinado pelo famoso investigador de classe especial Kishou Arima. No entanto, há mais sobre este jovem do que aparenta, enquanto memórias desconhecidas agarram sua mente, lentamente lembrando-o da pessoa que ele costumava ser.
