À medida que as tensões entre o mundo da magia e a cidade da Academia continuam a aumentar, Touma Kamijou e sua mão de negação devem enfrentar esper e mago, a fim de proteger a vida daqueles ao seu redor. É claro que ele não está sozinho em sua luta; seja ao seu lado ou fora de vista, aliados e inimigos, velhos e novos, entrarão na luta para ajudá-lo.
Toaru Majutsu no Index II continua a história de ação e comédia, como a escala de Touma e seus aliados' Batalha cresce cada vez mais. Um conflito está lentamente se formando no horizonte, e a magia e a ciência se cruzarão novamente na guerra que está por vir.
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