As pessoas com poderes mágicos estão perto de serem exterminadas. Assim como o equilíbrio de poder e força militar já havia mudado de espadas à feitiçaria, ele muda mais uma vez para armas de fogo. Takeru Kusanagi vai para “Academia Antimagia”, um centro de treinamento para Inquisidores de Hereges, que reprimem a ameaça representada pelos usuários de magia. No entanto, Takeru não pode usar armas e só consegue lutar com uma espada. Como resultado, ele é designado para o 35º Pelotão de teste, o heterogêneo “pequeno pelotão” para estudantes pobres. Um dia, Oka Otori, uma pistoleira de elite que já tem qualificações para a caça às bruxas, junta-se ao pelotão.
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