Depois de uma guerra horrível ter causado estragos na população em geral, os governos do mundo voltaram-se para uma táctica mais evasiva para promover as suas agendas—uma guerra travada nas sombras.
Lily, uma bela rapariga com fechaduras brancas, é uma estudante numa das muitas instituições que treinam os jovens para se tornarem espiões capazes. Infelizmente, apesar de ter obtido bons resultados nos exames escritos, ela mal consegue passar nos seus treinos. Sem qualquer habilidade do mundo real para falar, as suas esperanças de se formar são sombrias—até lhe ser oferecida uma oportunidade de se juntar à misteriosa equipa "Tomoshibi" e participar numa Missão Impassível.
Entusiasmada com a perspectiva de trabalhar com a elite, Lily aceita entusiasticamente. No entanto, ela fica estupefacta quando chega ao Palácio Kagerou e o verdadeiro objectivo do Tomoshibi e a sua situação desesperada vem à luz. Juntamente com outras espiãs problemáticas juntamente com um jovem misterioso que lidera a operação, Lily percebe que esta não é a escapadela ideal que tinha imaginado.
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