Quando a temporada de outono se aproxima do fim, Chidori Yoshino, membro do Strega, sequestra Junpei Iori. Enquanto isso, Makoto Yuuki e o Specialized Extracurricular Execution Squad (SEES) aniquilam o Arcana Hanged Man. Logo depois, um misterioso playboy chamado Ryouji Mochizuki se transfere para a classe 2-F da Gekkoukan High School.
Supostamente tendo alcançado seu objetivo, os membros do SEES acreditam que estão livres da batalha que roubou impiedosamente a vida de seus entes queridos. No entanto, Tartarus e a Dark Hour continuam existindo, sem se deixar abater pelo extermínio da décima segunda Shadow. Perturbados por seu aparente fracasso, os SEES precisam lidar com suas lutas pessoais e descobrir por quem lutam. À medida que as jornadas de autodescoberta de Makoto e Junpei progridem, a identidade de Ryouji e a razão por trás do ódio de Aegis por ele se tornam claras.
[Escrito por MAL Rewrite]
