Enquanto a estação muda da primavera para o verão, Makoto Yuuki permanece ao lado do Specialized Extracurricular Execution Squad (SEES). A equipe continua a derrotar sombras grandes e pequenas, mas agora enfrenta um novo inimigo: Strega, um grupo de usuários desonestos do Persona que deseja manter a Dark Hour em seu benefício – parece que Strega pode ter uma pista sobre a verdadeira natureza da Dark Hour.
Enquanto o SEES aproveita as férias de verão em Yakushima, eles são acompanhados por Aegis, um androide amnésico projetado para destruir Shadows. Embora se mostre uma poderosa aliada, ela é inexplicavelmente atraída por Makoto e permanece constantemente ao seu lado. À medida que eles se aprofundam nos mistérios da Dark Hour, a natureza da misteriosa conexão que une esses dois é lentamente revelada.
[Escrito por MAL Rewrite]
