A otaku obstinada Kirino Kousaka retornou e se estabeleceu de volta à vida no Japão com seus amigos e familiares. Apesar de tudo o que seu irmão mais velho, Kyousuke, fez por ela, Kirino continua a lhe dar o ombro frio, para sua frustração. Ele está preocupado com o fato de que sua persuasão para que Kirino desistisse do treinamento de atletismo nos Estados Unidos e voltasse para casa pode ter prejudicado muito seu relacionamento com ela. Além disso, Kyousuke agora também precisa decodificar uma mensagem ousada e enigmática de Ruri “Kuroneko” Gokou, sua colega de escola e amiga de Kirino.
À medida que os laços entre os dois irmãos e seus amigos se aprofundam, Kirino e Kyousuke logo terão que descobrir como querem lidar com esses relacionamentos, ajudando um ao outro a perceber seus próprios sentimentos no processo. Apesar disso, Kirino ainda consegue encontrar tempo para satisfazer suas necessidades de otaku com a companhia de seu irmão.
