O futuro distante, 5012.
A súbita invasão aérea da Terra por < Alienígenas > e as suas criações <Machine Lifeforms>led a humanidade à beira da extinção. O número sobrevivente de humanos que se refugiaram na Lua para organizar um contra-ataque usando <android> soldados para recapturar a Terra.
No entanto, a guerra chega a um impasse, pois o <Machine Lifeforms> continua a multiplicar-se infinitamente. Por sua vez, a humanidade implanta uma nova unidade de soldados andróides como arma suprema: <YoRHa>
Recentemente enviado para a Terra <2B> joins<9S>, o analista actualmente estacionado lá, onde, no meio da sua missão, se depara com uma miríade de fenómenos misteriosos…
Esta é a história destes sem vida <androids> e a sua luta sem fim pelo bem da Humanidade.
(Source: NieR:Automata Ver1.1a Official USA Website)