Takashi Natsume, o tímido perito youkai e mestre do Livro dos Amigos, continua a sua viagem em direcção à auto-compreensão e aceitação com a ajuda de amigos novos e velhos. O seu aliado mais importante continua a ser o seu guarda-costas glutão e amante de salsichas, o arrogante mas ferozmente protector espírito lobo Madara ou Nyanko-sensei, como Madara é chamado quando no seu habitual disfarce de um gato gorducho e despretensioso.
Natsume, embora brevemente separado do Nyanko-sensei, é emboscado e raptado por um estranho grupo de macacos mascarados, como o youkai, que o levaram para a sua floresta enquanto procuravam desesperadamente o Livro dos Amigos. Percebendo que o seu “criado” foi levado de debaixo do seu nariz, Nyanko-sensei recorre à ajuda dos amigos youkai de Natsume e monta uma operação de salvamento. No entanto, a floresta dos espíritos dos macacos contém muitos inimigos perigosos, incluindo o Clã Matoba, o antigo némesis de Natsume.
Esticando-se do formidável esconderijo do Matoba para a casa de infância de Natsume, Natsume Yuujinchou Shi é um regresso varrido mas familiar a um mundo de perigo e amizade, onde Natsume irá finalmente enfrentar os demónios do seu próprio passado.
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