Há muito tempo, todos os humanos viviam sob o mar. No entanto, algumas pessoas preferiram a superfície e abandonaram a vida subaquática permanentemente. Como consequência, eles foram privados de sua proteção divina chamada “Ena”, que lhes permitia respirar debaixo d’água. Com o tempo, a fenda entre os habitantes do mar e da superfície aumentou, embora o contato entre os dois povos ainda existisse.
Nagi no Asu kara segue a história de Hikari Sakishima e Manaka Mukaido, junto com seus amigos de infância Chisaki Hiradaira e Kaname Isaki, que são forçados a deixar o mar e frequentar uma escola na superfície. Lá, o grupo também conhece Tsumugu Kihara, um colega estudante e pescador que ama o mar.
As vidas de Hikari e seus amigos estão fadadas a mudar, pois eles têm que lidar com o ódio e discriminação profundamente arraigados entre as pessoas do mar e da superfície, as tempestades em suas vidas pessoais, bem como uma tempestade iminente que pode significar a desgraça para todos os que vivem na superfície.
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