Fantasmas: entidades sobrenaturais tais como fantasmas ou youkai que, até recentemente, eram consideradas superstições. Entretanto, quando um vírus que infecta o cérebro se espalha pela sociedade, a percepção que as pessoas têm do mundo muda à medida que os seres míticos são revelados como tendo vivido ao lado da humanidade o tempo todo. Este vírus também afetou significativamente os da próxima geração, permitindo-lhes desenvolver habilidades especiais que podem usar para lutar contra os perigosos fantasmas.
Haruhiko Ichijou e Mai Kawakami são dois dos que receberam tal poder, pois Haruhiko tem a capacidade de invocar e selar fantasmas através de desenhos enquanto Mai imbui o poder dos elementos em artes marciais. Juntos, juntamente com o amigável fantasma Ruru, eles formam a Equipe E da Academia Hosea que se dedica a lidar com esses seres muitas vezes maliciosos. Em um mundo onde o real e surreal se entrelaçam, Musaigen no Phantom World segue as aventuras de um grupo de amigos enquanto eles lidam com os problemas cotidianos causados pelos fantasmas.
[Escrito por MAL Rewrite]