O Mundo Digital está em estado de guerra, com o malvado Exército de Bagra a tentar recolher fragmentos da Coroa do Código. Quem conseguir recolher todos os 108 fragmentos, tornar-se-á rei do Mundo Digital. Um grupo maléfico de Digimon, conhecido como Exército de Bagra, está determinado a deitar as mãos à Coroa do Código.
Digimon Xros Wars apresenta o Taiki Kudou, um amante do futebol que sempre se esforçará para ajudar as pessoas necessitadas. Quando um dia sai com seus amigos Akari Hinomoto e Zenjirou Tsurugi, ele ouve uma voz chamando por ajuda. Investigando a situação, ele encontra um Digimon chamado Shoutmon que foi gravemente ferido em um beco próximo. Usando o poder de um estranho dispositivo chamado Xros Loader, Taiki consegue salvar a vida de Shoutmon's, mas é puxado para o Mundo Digital ao lado de Akari e Zenjirou.
Determinado a não deixar o malvado Bagra ter o seu caminho, Taiki e seus amigos juntam-se a Shoutmon e outros Digimon locais para formar seu próprio exército conhecido como Xros Heart. Agora Xros Heart deve lutar seu caminho através do Mundo Digital para coletar fragmentos da Coroa de Código e derrotar o Exército Bagra, mas Taiki e seus amigos não são os únicos humanos envolvidos nesta guerra de monstros…
