No ano após a Colônia 196, um ano após a conclusão da guerra civil intergaláctica, prevalece um estado de estase sobre a Terra e suas colônias. Não vendo mais uso para seus fatos móveis Gundam, os heróis de guerra Duo Maxwell, Heero Yuy, Trowa Barton e Quatre Raberba Winner decidem destruir estas armas lançando-as à superfície do sol…
Antes dos Gundam chegarem ao seu destino, a paz universal é abalada pelo surgimento de Mariemaia Khushrenada— a única filha do antigo aristocrata tirano Treize. Mariemaia sequestra a diplomata Relena Peacececraft e anuncia planos para lançar "Operação Meteor," com a intenção de cumprir postumamente a trama do domínio mundial de Treize's.
Com a ajuda do antigo inimigo Zechs Marquise e seu terno móvel Tallgeese, os pilotos heróicos devem readquirir seus fatos móveis para travar uma batalha final contra a dinastia Khushrenada, incluindo a luta contra seu antigo aliado Wufei Chang, alinhando-se agora com as ambições de Mariemaia's.
[Escrito por MAL Rewrite]