O amor é incomum para Koizumi Risa e Ootani Atsushi, que estão ambos se esforçando para encontrar seu parceiro ideal no colegial—172 cm de altura Koizumi é muito mais alto do que a menina média, e Ootani é muito mais baixo do que o rapaz médio de 156 cm. Para aumentar a sua situação, suas paixões se apaixonam um pelo outro, deixando Koizumi e Ootani comovidos e com o coração despedaçado. Para piorar a situação, eles'são até rotulados como uma dupla de comediantes por seu professor de humor devido às suas personalidades e à grande diferença de altura, e seus colegas de classe até pensam em seus argumentos como esboços.
Lovely★Complex segue Koizumi e Ootani enquanto eles incentivam um ao outro a encontrar o amor e se tornam amigos íntimos. Além de suas ridículas brincadeiras, eles logo descobrem uma semelhança inesperada em sua música e em seus gostos de moda. Talvez eles possuam uma química ainda desconhecida, mas será que o amor poderia florescer sempre entre o par desajustado?
[Escrito por MAL Rewrite]