Tudo começou com a morte de um dos membros do Clube de Astronomia. A partir disto, o rumor do fantasma do clube ganhou vida.
Ganta Nakami, uma insónia mal-humorada, depara-se com o moderadamente rebelde, mas fácil, Isaki Magari, no observatório abandonado do Clube de Astronomia. Magari é sacudido e tenta fugir de cena, apenas para ter uma porta arrombada que o impede, forçando os dois a entrar. Os dois forjam uma amizade improvável, levando-os a utilizar o observatório como um espaço seguro para interagirem.
Kimi wa Houkago Insomnia acompanha o tempo de Nakami e Magari insone no observatório estrelado, ajudando um ao outro a lidar com a insónia e os efeitos duradouros que esta tem na vida estudantil.
[Escrito por MAL Rewrite]