Gintoki e seus amigos Yorozuya (ou melhor, funcionários sofrendo violações trabalhistas), Shinpachi e Kagura, continuam a passar na cidade futurista e infestada de extraterrestres de Edo. Eles assumem qualquer trabalho que possam encontrar enquanto tentam não se envolver em nada muito perigoso. Mas quando Katsura, a líder dos rebeldes Joui e Gintoki's conhecidos de longa data, desaparece após ser brutalmente atacada por um assassino desconhecido, Shinpachi e Kagura iniciam uma investigação sobre o seu paradeiro e a identidade do assaltante. Entretanto, Gintoki assume um trabalho aparentemente alheio: o ferreiro Tetsuya solicita que Gin recupere uma estranha e poderosa espada chamada Benizakura, que foi roubada recentemente.
À medida que as duas investigações se cruzam gradualmente, a tripulação Yorozuya encontra-se no meio de uma grande conspiração que depende da natureza sinistra da espada Benizakura. Gintoki resolve levar a luta diretamente ao quartel-general inimigo e, junto com alguns aliados inesperados, parte para um de seus trabalhos mais perigosos até hoje.
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