Depois de se juntarem à resistência contra os bakufu, Gintoki e o bando estão escondidos, juntamente com Katsura e os seus rebeldes Joui. O Yorozuya é logo abordado por Nobume Imai e dois membros do Kiheitai, que explicam que os piratas Harusame se voltaram contra o Capitão Kamui da 7ª Divisão e seu antigo aliado Takasugi. Os Kiheitai apresentam a Gintoki um trabalho: encontrar Takasugi, que está desaparecido desde que o seu navio foi emboscado numa rusga ao Harusame. Nobume também faz uma revelação impressionante sobre os Tendoushuu, uma organização secreta que puxa os cordelinhos de numerosas facções, e seu líder Utsuro, a figura sombria com uma semelhança incrível com Gintoki's ex-professor.
Apanhando boleia na nave espacial Sakamoto's, os Yorozuya e Katsura partiram para Rakuyou, Kagura's planeta natal de Rakuyou, onde as várias facções se reuniram e onde as tensões estão se formando. Os rancores de longa data, as lutas políticas internas e o sinistro plano global de Tendoushuu's finalmente culminam numa batalha maciça e decisiva em Rakuyou.
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