Tetsurou Hoshino é um menino determinado a obter um corpo mecânico imortal para se vingar do assassino de sua mãe, o homem-máquina Conde Mecha. No entanto, devido ao custo incrível de obter o que ele busca, sua única esperança é roubar um cartão de embarque para o Galaxy Express 999, um trem espacial que viaja pela galáxia e cuja parada final é um planeta onde as próteses metálicas são fornecidas gratuitamente. Depois de roubar um cartão, Tetsurou é perseguido pela polícia e acaba desmaiando nos braços de uma mulher misteriosa chamada Maetel, que se parece muito com sua mãe. Quando ele acorda, ela diz ao menino que lhe dará acesso ao 999, desde que ele concorde em viajar com ela. Aceitando a proposta, Tetsurou embarca na ferrovia cósmica com Maetel e começa uma viagem pela galáxia.
[Escrito por MAL Rewrite]
