A história do anime's se passa em 2027, um ano após o fim da quarta guerra não-nuclear. A nova Cidade do Porto ainda está cambaleando da guerra's após sofrer um bombardeio causado por uma mina autopropulsionada. Em seguida, um membro militar implicado em subornos de tráfico de armas é abatido a tiros.
Durante a investigação, a Seção de Segurança Pública's Daisuke Aramaki encontra Motoko Kusanagi, o hacker ciborgue de nível feiticeiro designado para os militares's 501st Unidade Secreta. Batou, um homem com o "olho que não dorme," suspeita que Kusanagi é o que está por trás do bombardeio. O detetive Togusa da Polícia da Província de Niihama está perseguindo seus próprios casos duplos de morte a tiros e assassinato de uma prostituta's 501st Unidade Secreta. A própria Motoko está sendo vigiada pela 501ª Unidade Secreta's chefe Kurutsu e agentes ciborgues.
(Source: ANN)
