Ano 2032. Batô, agente da Seção 9, é designado para investigar uma série de assassinatos de figuras importantes da sociedade, supostamente mortas por uma série de bonecas/robôs, as “Gynoids”, que avariam, matam os respectivos donos e de seguida se autodestroem. Na ausência da Major Kusanagi, que desapareceu em misteriosas circunstâncias e deixou fortes memórias a Batou, é-lhe atribuido um novo colega, Togusa, ex-detective da polícia. Os dois perseguem o criador das Gynoids sendo sucessivamente confrontados com a diferença entre homem e máquina, cada vez mais difícil de distinguir.
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