Ano 0071 da Era Cósmica, a colônia espacial Heliópolis permanece neutra na grande guerra que assola a galáxia entre os Coordenadores, seres humanos cujas características biológicas foram alteradas antes do nascimento, e os Naturais, pessoas inalteradas que permanecem no planeta Terra. O profundo ódio dos Naturais pelos Coordenadores levou os seres avançados ao espaço, buscando abrigo em colônias feitas pelo homem. Kira Yamato é um coordenador e estudante universitário em Heliópolis, quando sua vida é jogada em desordem quando ZAFT, a organização militar composta por coordenadores rebeldes, ataca a colônia em uma tentativa de roubar um conjunto de cinco móveis militares de última geração. trajes conhecidos como Gundams. Enquanto ZAFT consegue fugir com quatro dos Mobile Suits, Kira assume o controle do Gundam final, o Strike. Sobrevivendo à batalha, Kira e seus amigos de faculdade se juntam à tripulação do Archangel, uma nave comandada pela Earth Alliance, e os jovens soldados experimentam os horrores da guerra e as perdas que vêm com ela.
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