A Quinta Guerra do Santo Graal continua, e o caos que se seguiu resulta em maiores riscos para todos os participantes. Shirou Emiya continua a participar na guerra, aspirando a ser um herói de justiça que salva a todos. Ele parte em busca da verdade por trás de uma misteriosa sombra escura e sua onda de assassinatos, determinado a derrotá-la.
Enquanto isso, Shinji Matou põe seus próprios planos em movimento, ameaçando Shirou através de sua irmã Sakura Matou. Shirou e Rin Toosaka lutam contra Shinji, na esperança de aliviar Sakura dos abusos de seu irmão. Mas a feia verdade dos irmãos Matou começa a aparecer, e muitos segredos sombrios são expostos.
Filme de Destino/Noite: Céu's Feel – II. A Borboleta Perdida continua a se concentrar nos Mestres e Servos restantes enquanto lutam entre si na esperança de obter o Santo Graal. No entanto, como a escuridão surge dentro da cidade de Fuyuki, até mesmo o estado de sua guerra sagrada pode estar em perigo.
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