Mais um lindo verão se passa para Illyasviel von Einzbern. Fazendo uma pausa em seus deveres de garota mágica, ela aproveita seu tempo livre depois de coletar os Cartões de Classe com sua melhor amiga Miyu Edelfelt.
No entanto, sua pausa chega ao fim abruptamente quando ela e Miyu são sequestradas por Rin Toosaka e Luviagelita Edelfelt, enquanto estavam com seus amigos. As garotas mágicas descobrem que seu trabalho está longe de terminar, pois a Torre do Relógio as informa que o mana fora de controle que se pensava ter sido selado continua a se dispersar pela cidade de Fuyuki. Depois de ir ao ponto de origem do mana fora de controle, Illya e Miyu têm a tarefa de resolver a anomalia.
Mas depois de lançar o feitiço, Illyasviel descobre que está dividida em duas pessoas! À medida que esta nova forma misteriosa surge, ela só pode se perguntar: o que acontecerá com a existência de seu dopplegänger, enlouquecido na cidade desavisada?
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