A.D. 2016, as fundações da humanidade foram incineradas pelo Rei Mago Salomão. A Chaldea, uma organização mágica secreta com a missão de preservar o futuro da humanidade's, previu a extinção da humanidade's em 2015. Assim começou a operação para reparar as Singularidades da história causadas pelo Santo Graal espalhadas pelo tempo e pelo espaço'Operação Grande Ordem.
Usando a tecnologia de viagem no tempo Rayshift, a Chaldea's último mestre Ritsuka Fujimaru e seu demi-servant Mash Kyrielight viajaram para e resolveram seis Singularidades. Agora, eles partem para seu destino mais perigoso até agora: uma civilização na Era dos Deuses, A.C. 2655 Mesopotâmia. Ritsuka e Mash logo descobrem que bestas demoníacas vagueiam pela terra, atacando pessoas e cidades. Em meio ao caos e ao terror está a humanidade's última defesa—Uruk, uma cidade fortaleza que atua como a linha de frente na batalha contra as feras. A frente de batalha é comandada por ninguém menos que o Rei Gilgamesh, o Rei dos Heróis, que procurou a ajuda dos Espíritos Heróicos e assumiu o papel de um mago para proteger sua cidade.
Junto com Gilgamesh e os servos convocados, Ritsuka e Mash devem proteger Uruk contra as bestas mágicas… 039; ataque e derrota a Aliança das Três Deusas que visa erradicar a humanidade; enquanto isso, uma ameaça maior paira sobre Uruk, preparando-se para o seu despertar.
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