Em um mundo pós-apocalíptico, o último assentamento humano restante no Japão é a cidade fortemente fortificada de Tokyo-3. Shinji Ikari, de 14 anos, é levada à sede da Nerv, uma organização subterrânea liderada por seu pai distante, Gendou. Ele pede que Shinji se torne um piloto de um "Evangelion," um andróide colossal construído para lutar contra monstruosas e destrutivas criaturas alienígenas conhecidas como "Anjos" que causam estragos no planeta e ameaçam a sobrevivência da raça humana remanescente.
Embora inicialmente relutante, Shinji é influenciado pela idéia de reconciliar-se com seu pai, e concorda em ajudar na humanidade's perigoso esforço contra sua ameaça alienígena, como o piloto da Unidade Evangelion-01. Empurrado para o meio de um perigoso campo de batalha, Shinji deve encontrar a coragem e a determinação necessárias para enfrentar os Anjos' incursões antes que seja tarde demais.
[Escrito por MAL Rewrite]