Taichi Yagami e os seus amigos passaram para a escola secundária, mas nessa altura já perderam o contacto com os seus parceiros Digimon. Taichi fica, portanto, surpreendido ao receber de repente um pedido de socorro que o convoca para o Mundo Digital. Uma vez lá, ele descobre que Digimon está vivendo com medo do misterioso Imperador Digimon, que de alguma forma está suprimindo sua capacidade de Digivolver!
No mundo real, Hikari Yagami e Takeru Takaishi se reúnem na mesma turma do quinto ano. Eles compartilham três colegas de escola: Daisuke Motomiya, que os lembra de Taichi; Miyako Inoue, um mago técnico; e Iori Hida, Miyako's vizinha. Quando estas três crianças recebem "D-3" Digivices, eles—juntamente com Hikari e Takeru, que ainda possuem seus próprios Digivices&mdash originais;compõem a nova geração de "Crianças Escolhidas" que devem salvar o mundo mais uma vez. Com o poder dos Digi-Eggs blindados, eles devem frustrar os planos do Imperador Digimon's para espalhar a sua influência por todo o Mundo Digital.
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