Captain Tsubasa é a história apaixonante de um estudante do ensino fundamental cujos pensamentos e sonhos giram quase que inteiramente em torno do amor pelo futebol. Tsubasa Oozora, de 11 anos, começou a jogar futebol muito jovem e, embora fosse apenas um esporte recreativo para seus amigos, para ele, tornou-se uma espécie de obsessão.
Para perseguir seu sonho com o melhor de suas habilidades no ensino fundamental, Tsubasa se muda com a mãe para a cidade de Nankatsu, que é conhecida por seus excelentes times de futebol do ensino fundamental. Mas, embora ele fosse facilmente o melhor em sua antiga cidade, em Nankatsu a concorrência é muito maior e ele precisará de toda a sua habilidade e talento para se destacar nessa nova multidão.
Ele encontra não apenas rivais, mas também novos amigos, como a bela garota Sanae Nakazawa e o talentoso goleiro Genzo Wakabayashi, que compartilha a mesma paixão de Tsubasa e se revelará um amigo precioso, ajudando-o a alcançar seus sonhos. Representar o Japão na Copa do Mundo da FIFA é o maior sonho de Tsubasa, mas será preciso muito mais do que talento para alcançá-lo.