Quando chega o verão para os alunos da UA Academy, cada um desses super-heróis em treinamento se esforça ao máximo para se tornarem heróis renomados. Eles partem para um campo de treinamento florestal administrado pela UA's pro heroes, onde os estudantes se enfrentam em batalha e passam por testes perigosos, melhorando suas habilidades e ultrapassando seus limites. Entretanto, sua viagem escolar é repentinamente virada de cabeça para baixo quando a Liga dos Vilões chega, invadindo o acampamento com a missão de capturar um dos alunos.
Boku no Hero Academia 3ª Temporada segue Izuku "Deku" Midoriya, um ambicioso aluno treinado para realizar seu sonho de se tornar um herói semelhante a seu modelo—All Might. Sendo um dos alunos apanhados no meio do caos do ataque vilão, Deku deve tomar uma posição com seus colegas de classe e lutar por sua sobrevivência.
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