Simon e Kamina nasceram e foram criados em uma aldeia profunda, subterrânea, escondida da superfície lendária. Kamina é um canhão solto, de espírito livre, inclinado a fazer um nome, enquanto Simon é um jovem tímido e sem aspirações reais. Um dia, enquanto escava a terra, Simon tropeça em um objeto misterioso que acaba sendo a chave de ignição de um antigo artefato de guerra, que o duo chama de Lagann. Usando sua nova arma, Simon e Kamina se defendem de um ataque surpresa da superfície com a ajuda de Yoko Littner, uma ruiva de sangue quente empunhando uma arma maciça que vagueia pelo mundo acima.
No rescaldo da batalha, o céu agora está à vista, levando Simon e Kamina a partirem em uma viagem ao lado da Yoko para explorar as terras devastadas da superfície. Logo, eles se unem à luta contra os "Beastmen," criaturas humanóides que aterrorizam os remanescentes da humanidade em poderosos robôs chamados "Gunmen." Embora enfrentem alguns desafios e contratempos, o trio luta corajosamente contra esses novos inimigos ao lado de outros sobreviventes para recuperar a superfície, enquanto desvendam lentamente um mistério do tamanho de uma galáxia.
[Escrito por MAL Rewrite]