Há trinta anos, o continente eurasiático foi devastado por um super tremor "tremor espacial"—um fenômeno envolvendo vibrações espaciais de origem desconhecida—resultando na morte de mais de 150 milhões de pessoas. Desde então, esses terremotos têm assolado o mundo de forma intermitente, embora em uma escala mais leve.
Shidou Itsuka é um estudante aparentemente médio do ensino médio que vive com sua irmã mais nova, Kotori. Quando um iminente terremoto espacial ameaça a segurança da cidade de Tengu, ele se apressa para salvá-la, apenas para ser apanhado na erupção resultante. Ele descobre na fonte uma garota misteriosa, que se revela ser uma "Spirit," uma entidade do outro mundo cuja aparência desencadeia um terremoto espacial. Logo depois, ele se envolve em uma escaramuça entre a garota e a Equipe Anti-Espírito, uma força de ataque impiedosa com o objetivo de aniquilar os Espíritos.
Entretanto, há um terceiro que acredita em salvar os espíritos: "Ratatoskr," que surpreendentemente é comandada pela irmãzinha de Shidou's! Kotori recruta Shidou à força após o choque, apresentando-lhe um método alternativo de lidar com o perigo representado pelos Espíritos—fazê-los se apaixonar por ele. Agora, o destino do mundo repousa em sua proeza de namoro, enquanto ele procura os Espíritos para encantá-los.
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