O irmão mais velho de Sara Werec, de onze anos, Ralph, foi enviado para a linha de frente de uma guerra interestelar a 130 anos-luz de distância, e Sara jurou se reunir com ele um dia como companheira. Cinco anos depois, Sara é aluna da Academia Militar Espacial Grapera, treinando para se tornar uma Reasoner, uma piloto de um sistema de armas avançado chamado “Strain”.
Quando a academia é repentinamente atacada por forças inimigas, Sara entra em batalha contra um Strain que rapidamente a domina. Depois de incapacitá-la, o piloto revela ser seu irmão Ralph. Matando todos os outros alunos e destruindo a escola, ele desaparece, deixando Sara questionando tudo o que ela sempre soube. Soukou no Strain é a história de Sara quando ela retoma o treinamento sob um novo nome, agora determinada a confrontar seu irmão e entender suas ações.
