Madoka Kaname e a sua melhor amiga Sayaka Miki são estudantes normais do ensino secundário na cidade de Mitakihara. Mas um dia, encontram uma estranha criatura felina chamada Kyuubey, que afirma poder conceder-lhes um desejo. Em troca, elas tornar-se-iam raparigas mágicas e lutariam contra o mal perpetrado pelas bruxas. Uma rapariga mágica veterana da zona, Mami Tomoe, decide mostrar-lhes como caçar bruxas, enquanto a misteriosa estudante transferida Homura Akemi as avisa para não aceitarem o acordo de Kyuubey, embora se recuse a dizer porquê.
No entanto, depois de testemunharem a realidade brutal da luta contra as bruxas, as raparigas decidem que talvez seja mais seguro recusar a oferta de Kyuubey. Mas quando outra rapariga mágica chega à cidade e Sayaka decide pedir um desejo para ajudar a pessoa que ama, as coisas rapidamente se complicam e elas são confrontadas com a dura verdade por detrás dos seus poderes e com o preço final dos seus desejos.
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