Mithril, uma instituição militar secreta que utiliza tecnologia de ponta para combater operações terroristas, designa uma equipe especializada para uma missão delicada. Sob o comando da oficial superior Melissa Mao, os sargentos Sousuke Sagara e Kurz Weber devem proteger secretamente Kaname Chidori – uma adolescente que inconscientemente detém conhecimentos científicos inovadores e é considerada uma “Sussurrada” – de agências de inteligência e outras organizações que buscam suas habilidades.
Enquanto Kurz e Melissa o ajudam remotamente, Sousuke se matricula na escola de Kaname como um de seus colegas de classe para monitorá-la de perto. No entanto, a sua educação militarista e as suas fracas competências sociais levaram a uma difícil adaptação à vida civil. Ele não apenas atrai atenção desnecessária, mas suas ações frequentemente fazem Kaname suspeitar dele.
Apesar das tentativas sinceras de cumprir o seu dever, uma emboscada terrorista complica ainda mais a tarefa de Sousuke. Reconhecendo o cérebro cruel por trás do ataque, Sousuke abandona suas ordens para garantir a segurança de Kaname.
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