Após um hiato de um ano, Shinpachi Shimura retorna para Edo, apenas para se deparar com uma surpresa chocante: Gintoki e Kagura, seus companheiros Yorozuya, tornaram-se personagens completamente diferentes! Fugindo do quartel general de Yorozuya em confusão, Shinpachi descobre que todos os habitantes de Edo sofreram mudanças impossivelmente extremas, tanto na aparência quanto na personalidade. Mais inacreditavelmente, sua irmã Otae se casou com o chefe Shinsengumi e perseguidor sem vergonha Isao Kondou e está grávida de seu primeiro filho.
Desconcertado, Shinpachi concorda em se juntar ao Shinsengumi a pedido de Otae e Kondou e encontra transformações ainda mais surpreendentes em andamento dentro e fora das fileiras da organização. No entanto, descobrindo que o vice-chefe Toushirou Hijikata permaneceu inalterado, Shinpachi e seu improvável Shinsengumi se propuseram a devolver a cidade de Edo a como eles se lembram.
Com ainda mais piadas sujas, paródias com ironia e referências sem vergonha, Gintama ‘segue a equipe Yorozuya através de mais de suas desventuras no mundo vibrante e cheio de alienígenas de Edo.
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