Conta a história de Sakura, princesa do país de Clow, e de Shaoran, um arqueologista aprendiz que é seu amigo de infância. Em um estranho evento, Sakura revela um par de asas cujas penas se espalham em múltiplas direções, e cai inconsciente.
Ela e Shaoran são levados até Yuuko, uma bruxa, que explica que as penas são as memórias de Sakura e que para salvá-la Shaoran precisa recuperar todas as penas viajando por vários universos. A história segue com Shaoran, Sakura e outros dois viajantes, Fye e Kurogane, viajando por esses universos atrás das memórias da princesa.