Um dia, o sol vermelho brilhante parou de brilhar, causando o "Breakdown Phenomenon"—a destruição da cidade de Arata Kasuga's e o desaparecimento das pessoas que a habitam. Tudo, porém, ainda não está perdido; ao utilizar o grimoire mágico dado a ele por seu amigo de infância e primo Hijiri Kasuga, o mundo de Arata's é artificialmente reconstruído.
Para investigar o fenômeno, Lilith Asami aparece diante de Arata, cujo mundo artificial se desintegra de repente. Ele tem duas escolhas: entregar o livro, ou morrer. No entanto, Arata escolhe a terceira opção—inscrever-se na escola de magia ultra-secreta Royal Biblia Academy, onde seis outros usuários mágicos o esperam. Juntamente com Lilith, estes seis formam a Trinity Seven, a elite da escola, que cada um reforça o seu próprio poder e habilidade.
Com a ambição de salvar Hijiri e a ajuda de seus novos amigos, Arata não pára em nada para impedir a destruição de sua amada cidade natal e para trazer seu melhor amigo de volta.
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