Numa linha temporal alternativa, o mundo parece ter alcançado a paz. Sem conflitos internacionais, as guerras são agora travadas entre corporações privadas em vez de nações pacíficas. Yuuichi Kannami, recentemente transferido para a Área 262, limita-se a fazer o seu trabalho como piloto de caça contratado. No entanto, quanto mais tempo ele passa na sua nova base, mais mistérios vêm à tona.
The Sky Crawlers mostra esta realidade através dos olhos de Kannami, que se esforça por compreender os “Kildren”, humanos geneticamente alterados para serem eternamente adolescentes com reflexos mais rápidos, e o seu antecessor, o piloto ás conhecido como “Teacher”. No entanto, o que mais preocupa Kannami é a forma como tudo isto se relaciona com o comandante da base, Suito Kusanagi. A Área 262 tem as respostas, mas a verdade tem um preço que o jovem piloto pode não estar preparado para pagar.
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