Em um mundo cheio de aviões e dirigíveis, Sheeta é uma jovem que foi sequestrada por agentes do governo que procuram seu misterioso amuleto de cristal. Enquanto presa a bordo de um dirigível, ela se encontra sem esperança—isto é, até que o navio seja invadido por piratas. Aproveitando-se da confusão resultante, Sheeta consegue fugir de seus captores. Ao escapar, ela encontra Pazu, um menino que sonha em alcançar o lendário castelo voador, Laputa. Os dois decidem embarcar juntos em uma viagem para descobrir este castelo no céu. No entanto, logo encontram os agentes do governo de volta ao seu rastro, pois também eles estão tentando chegar a Laputa para seus próprios propósitos gananciosos.
A Tenkuu no Shiro Laputa segue as aventuras ascendentes de Sheeta e Pazu, enquanto aprendem como os sonhos e as circunstâncias terríveis podem aproximar duas pessoas.
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